از آنجایی که پیشگیری از بیماری های واگیر دار به صورت واکسیناسیون روزانه به طور متوسط 15 نوزاد علیه بیماری مربوطه واکسینه می شوند .واکسن ها از بدو تولد شامل قطره فلج اطفال، هپاتیت وسل در سنین 2، 4 ، 6 ، 12 و 18 ماهگی به ترتیب دریافت می گردد.که برای نوبت های بعد به مراکز بهداشتی در سطح شهر مراجعه می کنند.همچنین فعالیت واحد واکسیناسیون پایگاه این مرکز توسط آقای ترابی (مسئول واحد مذکور ) به دنبال پیشگیری و عدم سرایت بیماری های واگیر همه ساله پرسنل بیمارستان در برابر بیماری آنفولانزا واکسینه می شوند. در سال جاری از ابتدای آبان ماه تاکنون 220 نفر از کارمندان این مرکز علیه آنفوالانزا واکسینه شدند. در خصوص واکسن هپاتیت براساس بخشنامه صادره از سوی دانشگاه علوم پزشکی، پرسنل درمانی طی 3 نوبت واکسن هپاتیت دریافت نمودند. در ضمن چنانچه مورد مثبتی در خصوص بیماری مننژیت هم مشاهده گردد، علیه بیماری مذکور نسبت به تزریق واکسن مربوطه اقدام می شود.


