هر چند که مصرف دخانيات با ايجاد بيماري‌هاي شرايين کرونر، سکته مغزي و بيماري‌هاي ريوي ارتباط عليتي دارد اما بسياري از افراد به دليل ماهيت اعتياد‌آور نيکوتين همچنان به مصرف دخانيات ادامه مي‌دهند.
هر چند که تصور عمومي اين است که مصرف قليان زيان کمتري نسبت به سيگار کشيدن دارد اما شواهد نشان مي‌دهند که قليان هم مواد مضر و احتمال اعتيادآوري مشابهي با سيگار دارد.
برخلاف سيگار، کشيدن قليان با ايجاد بيماري‌هاي عفوني و احتمالا ايجاد زمينه براي مصرف مواد روان‌گردان همراهي دارد. اغلب مطالعاتي که عواقب سلامتي مصرف قليان را نشان مي‌دهند، از ناحيه مديترانه شرقي به دست آمده‌اند يعني جايي که کشيدن قليان بسيار رايج است.
از آنجا که فرآوري برگ تنباکو، فرايندي ناقص است، مرحله‌اي با جزء گازي و ذرات معلق ايجاد مي‌کند که عمدتا فيلتره نمي‌شوند. مرحله گازي دربرگيرنده مونواکسيدکربن، نيتروزآمين، استالدئيد، فرمالدئيد، هيدروکربن‌هاي معلق و سيانيد هيدروژن است. هر چند که مرحله ذره‌اي عمدتا از تار و نيکوتين تشکيل مي‌شود، اما مرحله گازي بسياري از کارسينوژن‌هاي ديگر را دربرمي‌گيرد.
برخلاف باور عمومي، مصرف قليان و سيگار مواد سمي مشابهي را ايجاد مي‌کند و به دليل استنشاق پک‌هاي طولاني‌تر که براي ايجاد دود در هنگام مصرف قليان لازم است، به نظر مي‌رسد که تا 100 برابر دود بيشتري استنشاق مي‌شود، بنابراين فرد را در معرض مقادير زيادي نيکوتين، مونواکسيدکربن و هيدروکربن‌هاي پلي‌آروماتيک قرار مي‌دهد.
محققین متوجه شدند که در معتادان به قليان، ضربان قلب و فشار خون سيستوليک و دياستوليک افزايش مي‌يابد، اثري که پيش از اين در سيگاري‌ها ديده شده بود.
در مقايسه با سيگار، قليان مقادير بسيار بيشتري ذرات بسيار ريز به اندازه 1-02/0 ميکرومتر را در خود دارد که ناشي از سوختن ذغال است.
اهميت اندازه ذرات به محل رسوب آنها در مجاري تنفسي مربوط مي‌شود. ذرات به اندازه 10-5 ميکرومتر عمدتا در راه‌هاي هوايي بزرگ رسوب مي‌کنند. ذراتي که 5-2 ميکرومتر هستند در مجاري تنفسي تحتاني ته‌نشين مي‌شوند و آن ذراتي هم که 3-8/0 ميکرومتر هستند در راه‌هاي هوايي انتهايي و آلوئول‌ها يا کيسه‌هاي هوايي ريه‌ها رسوب مي‌کنند. بيماري‌هاي غيرقابل برگشت ريه مانند بيماري‌هاي انسدادي مزمن ريه، دراين کيسه‌هاي هوايي انتهايي و در اثر رسوب ذرات معلق ناشي از مصرف دخانيات ايجاد مي‌شوند.
اندازه ذرات به همراه مواجهه شيميايي و فلزي به نوبه خود منجر به اثرات مخرب در دستگاه تنفسي، هم به صورت حاد و هم به صورت مزمن مي‌شود. علاوه بر احتمال اعتياد به نيکوتين، مصرف قليان نشان داده شده است که در ايجاد بيماري‌هاي عفوني هم نقش دارد و ممکن است راه ورودي براي مصرف حشيش نيز باشد.
پريگنوت و همکاران گزارش کردند که قليان در صورت استفاده مشترک دهاني آن توسط يک فرد آلوده با فردي سالم موجب انتشار سل مي‌شود. اين کشف، دغدغه در مورد ويروس‌ها و باکتري‌هايي را نمايان مي‌سازد که ممکن است از طريق ترشحات دهاني منتقل شوند.
قسمت دهاني به طور سنتي از کهربا ساخته مي‌شود، با اين تصور غلط که کهربا موجب حفاظت در برابر انتشار بيماري‌هاي عفوني مي‌گردد. قطعات دهاني جديدتر از فلز يا چوب ساخته مي‌شوند.
فقدان چشم‌انداز سلامت عمومي، بهداشت نامناسب و پاکسازي ناکافي قليان ها موجب ايجاد نگراني در مورد انتشار بيماري‌هاي عفوني مي‌شود.
مصرف قليان همچنين با وزن کم زمان تولد، سرطان برونشيال و آترواسکلروز همراه بوده است. دو مورد اوليه کارسينوم لب را در ارتباط با مصرف قليان گزارش شده است. مورد اول، مردي 23 ساله بود که به مدت 3 سال دو بار در روز قليان مي‌کشيد. مورد دوم، مردي 60 ساله بود که به مدت 20 سال دو بار در روز قليان کشيده بود. مصرف کنندگان قليان، حتي به ميزان بيشتري نسبت به سيگار و پيپ، در معرض خطر بيشتر سرطان‌هاي دهان ناشي از تحريک تنباکو و دوره‌هاي طولاني‌تر مصرف قليان هستند.
تنباکو براي مصرف قليان به کار مي‌رود. بدين ترتيب همان کارسينوژن‌ها (هيدروکربن‌هاي پلي‌آروماتيک و آلدئيدها) که در سيگار وجود دارند، در مصرف قليان هم يافت مي‌شوند. اين کارسينوژن‌ها، اجزاي اصلي دود، هم براي خود فرد و هم براي اطرافيان است. در برخي از موارد مصرف قليان، شارکول بيشتري استنشاق مي‌شود تا سيگار.
به دليل همين اثر بالقوه و کارسينوژن‌هاي توليد شده، به نظر مي‌رسد که شارکول منبع کارسينوژن اوليه باشد. محققین مواد شيميايي توليد شده از قليان را هم با و هم بدون شارکول تجزيه کردند که نشان داد، 90 درصد از مونواکسيدکربن و 95 درصد از هيدروکربن‌هاي پلي‌آروماتيک از شارکول منشاء مي‌گيرند.
اين هيدروکربن‌ها، کارسينوژن‌هايي هستند که عامل ايجاد سرطان ريه و ساير عوارض تنفسي هستند.
مصرف قليان حامل مقاديري از فلزات سنگين نيکل، آرسنيک و کبالت است. هر چند که قليان در مقايسه با سيگار دود کمتري را براي اطرافيان ايجاد مي‌کند اما مقادير زياد دود بيرون داده شده، هم خود فرد و هم اطرافيان وي را در معرض اين مواد سمي قرار مي‌دهد.
نگراني ديگر در مورد مصرف قليان در ايالات متحده، به کار بردن لوله‌هاي پلاستيکي به جاي لوله‌هاي چرمي قابل نفوذ مر‌سوم در نواحي مديترانه شرقي است. اين لوله‌هاي پلاستيکي موجب افزايش قابل توجه مقدار مواد سمي مي‌شوند.
محققین خروج ذرات معلق را در هنگام مصرف قليان با استفاده از يک ماشين مصنوعي مورد بررسي قرار دادند تا مصرف قليان را توسط انسان شبيه‌سازي کنند. هر نوبت مصرف قليان به اندازه 20 عدد سيگار داراي تار کم، تار توليد کرد و استنشاق دود قليان مقادير بيشتري آرسنيک، کروم و سرب توليد کرد. و 16 هيدروکربن آروماتيک پلي‌سيکليک را در دود قليان اندازه‌گيري کردند.. کشیدن قلیان در مقايسه با هر عدد سيگار 20 برابر هيدروکربن آروماتيک پلي‌سيکليک بيشتر و 50 برابر هيدروکربن آروماتيک پلي‌سيکليک سنگين افزون‌تري توليد می کند. سطح مونو اکسيد کربن اندازه‌گيري شده از طريق کواکسي‌متر بر روي نمونه خون در 5 دقيقه اول مصرف قليان، 5 برابر بيشتر از مصرف هر عدد سيگار است.
نحوه مصرف قليان تفاوت قابل ملاحظه‌اي نسبت به مصرف سيگار دارد. مصرف قليان نياز به حجم‌هاي جاري بيشتري دارد و زمان دم طولاني‌تري را نياز دارد. حجم دمي استنشاق شده بيشتر، فرد را در معرض کارسينوژن‌هاي بيشتري قرار مي‌دهد تا افراد سيگاري.
دريک مطالعه با استفاده از توموگرافي نشان داد که 45 دقيقه مصرف قليان، 40 برابر سيگار دود توليد مي‌کند. در حالي که کشيدن سيگار به طور متوسط شامل 12- 8 پک به حجم تقريبا 50 ميلي‌ليتر طي زماني 7 - 5 دقيقه‌‌اي است، مصرف قليان شامل 200 - 50 استنشاق 1- 15/0 ليتري طي مدت 80 - 20 دقيقه است.
مطالعه‌اي ديگر نشان داد که حجم استنشاق شده در قليان به طور متوسط 1 ليتر است در حالي که اين حجم در مورد سيگار 45 ميلي‌ليتر است .